토지조성 공사관련 매입세액 여부 검토

1. 조심2009중3422(2010.07.21)

[제목] 쟁점매입세액이 펜션 신축관련 매입세액인지 아니면 토지조성공사 관련 매입세액인지 여부

[요약] 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하므로 매입세액을 불공제하여 경정한 것은 정당함

[주문]심판청구를 기각한다.

[이유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2005.9.1. 부동산 매매·임대업으로 사업자등록을 하고 사업을 영위하다가 2007.6.30. 폐업하였으며, 사업개시 전인 1996.2.17. ○○ 외 임야 16필지 17,183㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 펜션을 신축할 목적으로 2005.5.1. 주식회사 ○○(이하 “○○”이라 한다)과 건설공사도급계약을 체결하고 2006.6.25. 공사기간을 2005.5.10.부터 2007.12.30.까지로 계약을 변경하여 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 진행하면서 2006년 제2기 부가가치세 과세기간에 공사기성분에 대하여 공급가액 133,000천원의 매입세금계산서 3매를 교부받아 2007.2.7. 관련 매입세액 13,300천원을 조기환급받았다가, 2007.6.10. 공급가액 81,500천원의 수정세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 과다환급받은 세액과 가산세를 수정신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점세금계산서상의 매입세액 8,150천원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라는 이유로 매입세액을 불공제하여 2009.2.9. 청구인에게 2006년 제2기 부가가치세 10,664,270원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.5.4. 이의신청을 거쳐 2009.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점공사와 관련하여 2006년 제2기 이전에도 기성분에 대하여 건물 신축공사와 관련된 매입세액을 신고한 사실이 있고, 처분청이 현지확인 후 이를 인정하여 환급을 결정한 사실이 있으며, 건물 신축공사가 아직 완공되지 아니한 부분에 대하여 2006년 제2기에 추가공사를 하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것임에도 처분청은 청구인이 쟁점세금계산서상의 거래품목을 단순한 착오에 의하여 ‘토목공사’로 기재한 사실만으로 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 환급을 거부한 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 총 17필지로 청구인이 2005년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점토지 중 일부인 ○○에서 건물 신축관련 환급세액이 발생하였으나, 청구주장과 달리 당시 현지확인은 하지 아니하고 서면검토에 의하여 환급한 사실이 있는 바, 이와는 별도로 기타 필지에서의 토지조성공사 비용의 발생이 가능하며, 2005년 제2기 세금계산서상의 품목은 ‘신축공사비’인 반면, 쟁점세금계산서상의 품목은 ‘○○ 17필지 토목공사’로 기재되어 있으며, 쟁점매입세액이 토지조성비용과 무관하다는 것에 대한 입증책임은 청구인에게 있는 바, 청구인이 현장작업일지, 레미콘 납품확인서 및 완공된 펜션사진을 관련 증빙으로 제시하고는 있으나, 현장작업일지의 연월일 및 요일이 연필로 기재되어 있는 등 증빙의 신빙성이 없고, 청구인이 제시한 펜션사진을 보면 완경사지대 임야에 대한 평탄작업과 조경석 등을 설치한 사실이 확인되며, 경사지대의 임야를 대지로 용도변경하기 위하여는 토지조성비용이 필수적인 바, 처분청이 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점매입세액이 펜션 신축관련 매입세액인지 아니면 토지조성공사 관련 매입세액인지 여부

나. 관련법령

 

(1) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경，공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 청구인과 청구외 ○○은 1996.12.17. 쟁점토지의 분할전 토지인 ○○, 24,613㎡를 각 2분의 1의 지분으로 취득하였으며, 분할전 토지는 2003.3.3. 쟁점토지인 같은 리 650-76(17,183㎡)으로 등록전환되고, 쟁점토지는 2005.9.7. 같은 리 650-76(5,525㎡)과 650-122(11,658㎡)로 분할되었으며, 650-76과 650-122는 2006.3.31. 650-146 및 650-151 등 17필지로 분할된 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 2005년 제2기 과세기간의 공사 관련 부가가치세 환급시 처분청이 현지확인조사를 실시하였다고 주장하고, 처분청은 당시 서면검토에 의하여 환급결정하였다는 의견인 바, 처분청의 환급신고 검토조사서에 의하면, 고정자산 매입분에 대하여 ‘건축물 신축에 따른 정상환급(2005년 제2기)’ 또는 ‘시설투자환급으로 서류검토한 바 타당함(2006년 제2기, 수정전 세금계산서)’으로 기재되어 있다.

(3) 청구인이 2005.9.1. 부동산 매매업 등으로 개업한 이후의 부가가치세 신고내용은 다음과 같으며, 쟁점세금계산서상의 품목이 ‘○○ 외 17필지 토목공사’로 되어 있으나, 청구인은 쟁점매입세액이 건물신축공사 관련 매입세액이라는 이유로 부가가치세 환급신청을 하였다.

<표> 쟁점공사 관련 매입세액 신고내역

○○

 

(4) 청구인은 쟁점토지를 취득하여 펜션을 신축할 목적으로 ○○로부터 2002년과 2003년에 산림형질변경허가를 받아 ○○과 2003.4.18. 부지조성공사계약을 맺고 형질변경을 위한 공사를 이미 완료하였고, 펜션임대업을 영위하기 위하여 2005.5.1.자로 부동산 임대업 등으로 사업자등록을 하고 2005.4.15.부터 산림전용허가를 받아 펜션공사를 시작하여 2007.10.22. 쟁점토지 중 ○○, 152, 153의 공사가 완료되어 펜션영업에 사용하고 있으며, 쟁점매입세액은 펜션신축관련 매입세액이라고 주장하면서 관련 자료를 증빙으로 제시하였으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인이 제출한 ○○의 산림형질변경허가증에 의하면, 쟁점토지의 분할 전 토지인 ○○ 산315-1은 2002.8.19.부터 2003.6.30.까지의 기간동안 근린생활시설(음식점·소매점)건립 부지조성을 위하여 형질변경이 허가되었으며, 쟁점토지는 2003.4.18.부터 2003.11.30.까지의 기간동안 주택·근린생활시설(음식점) 건립 부지조성을 위한 형질변경이 허가된 것으로 나타난다.

(나) 청구인이 제출한 민간건설공사 표준도급계약서(2003.4.18.)에 의하면, 청구인과 ○○은 2003.4.20.부터 2004.5.30.까지의 기간동안 공사금액 188,540천원의 주택·근린생활시설 건립 부지조성공사계약을 체결한 것으로 나타난다.

(다) 청구인이 제출한 산지전용허가증(○○, 2005.4.15.)에 의하면, 청구인은 2005.4.15.부터 2006.10.30.까지의 기간동안 쟁점토지 중 일부○○에 대하여 주택 창고 및 일반음식점 건립을 목적으로 산지전용허가를 받았고, 2006년 3월에는 쟁점토지 중 일부○○에 대하여 다가구주택 건립을 목적으로 2006.3.17.부터 2008.2.28.까지의 기간동안 산지전용허가를 받은 것으로 나타난다.

(라) 청구인이 제출한 토사운반거리확인서(2003년 3월)에 의하면, 청구인은 쟁점토지 분할 전 토지○○ 부지조성사업시 4,300㎥의 토사를 반출한 것으로 기재되어 있다.

(마) ○○의 처분사전통지서(2003.2.26.)에 의하면, 청구인은 쟁점토지 분할전 토지○○의 토공사(형질변경, 2002.8.19.～2003.6.30.) 시행시 비산먼지발생사업 신고 미필을 이유로 과태료부과전 의견제출통지를 받은 것으로 나타난다.

(바) ○○의 현장작업일지(2006.10.3.～2006.12.27.)에는 공사명이 ‘○○ 숙박시설(펜션) 신축공사’, 공사시공상황으로 ‘샷시·주방기구·보일러 설치, 배수로 파기, 도배, 장판 등’이 기재되어 있고, ○○의 2006년 현장별 계정원장(계정과목 : 운반비)에 의하면, 쟁점매입세액 관련 기간인 2006.7.6.부터 2006.8.29까지 기간동안 쟁점토지 관련 현장에서 화물운임요금 및 운반비가 발생한 것으로 기재되어 있다.

(사) 쟁점토지 중 ○○ 650-151·152·153의 건축물대장 총괄표에 의하면, 각 지번의 공동주택이 2007.10.22. 신축된 것으로 기재되어 있고, 청구인이 제출한 쟁점토지상의 펜션사진 9매에는 촬영일자가 나타나지 아니하고 신축건물 외에 완경사면에 대한 평탄작업, 옹벽공사 및 진입로 공사가 시행된 것으로 나타난다.

(5) 우리 원에서 ○○ 토지개발현황시스템에 의하여 확인한 바, 2004년 하반기에 쟁점토지를 촬영한 항공사진을 보면, 쟁점토지 중 같은 ○○ 650-122 등에 대하여는 토지조성공사가 시행되고, 같은 ○○ 650-76 등 7필지에 대하여는 동 공사가 시행되지 아니한 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 2009년도 항공사진에는 위 650-76 등 7필지에 토지조성공사가 시행된 것으로 나타나며, 청구인에게 청구주장과 달리 쟁점세금계산서에 품목이 ‘○○ 650-76외 17필지 토목공사’로 기재된 이유에 대하여 ○○에 확인서 징구를 요청하였으나, 청구인은 이에 대하여 소명자료를 제출하지 아니하였다.

(6) 청구주장에 대하여 처분청은 청구인이 제시한 쟁점토지상의 펜션건물사진을 통하여 완경사면에 대한 평탄작업과 조경석 등이 설치된 것이 확인되고, ○○의 2006년 현장별 계정원장에 토지조성 관련 공사원가로 볼 수 있는 경계복원, 분할측량, 중기사용료, 덤프임대료 및 화물운임요금 계정으로 151백만원이 계상되어 있으며, 주식회사 ○○의 납품확인서를 보면, 2006.5.16.부터 2006.8.14.까지의 기간동안 쟁점토지에 18,041,463원 상당의 레미콘이 납품된 사실이 확인된다는 점 등을 들어 쟁점매입세액이 토지조성관련 매입세액이라는 의견이다.

(7) 살피건대, 청구인은 2005.5.1.자로 부동산임대업 등으로 사업자등록을 한 사실, 2005.4.15.부터 산림전용허가를 받아 펜션공사를 시작하여 2007.10.22. 쟁점토지 중 ○○ 650-151, 152, 153의 공사가 완료되어 건물신축승인을 받은 사실 등을 이유로 쟁점매입세액이 펜션 신축관련 매입세액이라고 주장하면서 ○○의 현장작업일지(2006.10.3.～2006. 12.27.) 등을 증빙으로 제출하였으나, 청구인이 2005년 제2기에 교부받은 세금계산서상의 품목은 ‘신축공사비’인 반면, 쟁점세금계산서상의 품목은 ‘○○ 650-76외 17필지 토목공사’로 기재되어 있으며, 쟁점세금계산서가 실제와 다르게 작성되었다는 사실에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구인에게 있음에도 불구하고, 청구인이 ○○의 확인서 등의 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 청구인이 제시한 쟁점토지 공사현장사진 등의 촬영일자가 확인되지 아니하며, 동 사진상으로는 완경사지대 임야에 대한 평탄작업과 조경석 등을 설치한 사실이 확인되는 점, ○○의 2006년 현장별 계정원장에 토지조성 관련 공사원가로 볼 수 있는 화물운임요금이 계상되어 있는 점, ‘○○ 숙박시설(펜션) 신축공사’라고 기재되어 있는 ○○의 현장작업일지가 연필로 기재되어 있어 이를 객관적인 증빙이라고 보기 어려운 점, 2004년 하반기에 쟁점토지를 촬영한 항공사진을 보면, 쟁점토지 중 650-76 등 7필지에 대하여는 동 공사가 시행되지 아니한 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 2009년도 항공사진에는 동 필지에 토지조성공사가 시행된 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라는 이유로 불공제하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 경정·고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

2. 서면3팀-2404(2004.11.26)

 

[제목] 부가가치세 과세 여부 및 매입세액 공제 여부

[요약] 펜션 등을 신축하여 관광객 등에게 상시 주거용이 아닌 숙박시설로 사용하게 하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임

· 질의

펜션사업을 영위할 목적으로 2004.06.11일 간이과세자로 등록한 사업자가 펜션주택신축허가업무를 진행하다가 금번에 펜션주택신축허가(신축예정면적 : 56.65평, 준공시 건축물대장상에 주택으로 명기될 예정)를 득하고 건물신축비용에 대한 부가가치세 환급을 목적으로 간이과세포기신고서를 제출하여 2004.12.01부터 일반과세자로 과세유형이 전환될 예정인 경우 부가가치세 환급이 가능한지 여부

· 회신

사업자가 관광객의 숙박, 취사 등이 가능한 편의시설을 갖추어 사실상 숙박시설(일명 "펜션")로 사용되는 건축물을 신축하여 관광객 등에게 상시 주거용이 아닌 숙박시설로 사용하게 하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며,

부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 자기의 사업과 관련하여 같은법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부받은 경우 당해 세금계산서상의 매입세액은 같은법 제17조 제2항에서 규정한 불공제되는 매입세액(사실과 다른 세금계산서에 의한 매입세액, 토지관련매입세액 등)을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

※ 관련 조세 법령

○ 부가가치세법 제7조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (이하생략)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. (이하생략)

※ 유사사례

○ 서삼 46015-11459, 2003.09.16

다가구주택 또는 단독주택 등으로 허가를 받아 신축한 건축물로서 공부상 주택으로 등재되어 있다 하더라도 관광객의 숙박, 취사 등이 가능한 편의시설을 갖추어 상시 주거용이 아닌 사실상 숙박시설(일명 "펜션")로 사용되는 건축물을 공급하는 경우에는 1호당 전용면적이 85㎡ 이하인 경우에도 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 규정된 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하지 아니하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 위 건축물을 취득한 자가 숙박업을 영위하는 자에게 동 건축물을 임대하고 대가를 받는 경우 부동산임대업에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것임